Techniklexikon

Pseudoknoten

Biophysik, mögliches Element der Tertiärstruktur von RNS neben doppelspiraligen Abschnitten und Loops. Normalerweise kann die Sekundärstruktur der RNS (die Menge aller Nukleotidpaarungen) topologisch in einen zweidimensionalen Graphen überführt werden, der folgende Eigenschaft hat: Wenn die Nukleotidsäurebasen mit RNS-Sequenznummern i und j als auch k und l jeweils miteinander gepaart sind und i < k < j erfüllt ist, dann ist auch i < l < j. Ist die Base l nicht aus dem Loop zwischen i und j, so bilden die Paare k und l einen sog. Pseudoknoten. In realen RNS-Tertiärstrukturen werden in der Regel nur wenige Pseudoknoten beobachtet, welche vermutlich eine Rolle bei der spezifischen Fixierung der relativen Lage der doppelspiraligen Abschnitte haben.