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Threading

Biophysik, theoretischer Ansatz zur Quantifizierung der Kompatibilität von Proteinsequenzen und Modellen von Tertiärstrukturen auf empirischer Basis. Mit der Analyse von bekannten dreidimensionalen Strukturen von Proteinen werden Präferenzfunktionen Ea(x) mit Boltzmann-ähnlicher Form abgeleitet (Brookhaven Protein Data Bank):

Threading

Dabei ist g(x) die Häufigkeit aller Aminosäurereste in einem geeigneten Lernsatz bekannter Tertiärstrukturen im physikalischen Zustand x, z.B. einer bestimmten Sekundärstruktur, einer Wasser-Zugänglichkeit (molekulare Oberfläche) oder eines bestimmten Abstandes zu einem anderen Monomer eines speziellen Aminosäuretyps. fa(x) ist dieselbe Funktion, aber nicht für alle Aminosäuretypen, sondern nur für einen Aminosäuretyp a. Hat man nun einen Satz Präferenzfunktionen, eine neue Aminosäuresequenz A mit den Monomeren Threading und eine bekannte Struktur X mit den physikalisch charakterisierten Raumpositionen Threading, so ergibt sich ein Score S für die Kompatibilität von A und X mit

Threading

Ein hoher Score entspricht einer grossen Wahrscheinlichkeit dafür, dass das Protein mit der Sequenz A in der Tat die Tertiärtstruktur X hat.

 

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