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Ramachandran-Karte

Biophysik, F-Y-Diagramm der Dihedralwinkel eines Aminosäurerestes innerhalb der Polypeptidkette eines Proteins (innere Koordinaten, Konformation, siehe Abb. Protein). Unter der Annahme von Atomradien sind nicht alle (F,Y)-Paare sterisch erlaubt, manche Kombinationen führen zu Überlappungen von Raumbereichen zweier Atome. Die meisten prinzipiell möglichen Zonen der Ramachandran-Karte entsprechen regulären Sekundärstrukturen. Die Ramachandran-Karten für Glycin und Iminosäuren unterscheiden sich von denen der anderen Aminosäuren.

Ramachandran-Karte

Ramachandran-Karte: Ramachandran-Karte des Alanin in 10 Beispielproteinen. In jedem der vier Diagramme ist die Ordinate der F-Winkel und die Abszisse der Y-Winkel. Die Höhenlinien der Verteilungen der (F, Y)-Paare für alle Aminosäurereste in einer grossen Anzahl experimentell bestimmter Proteine sind im Bereich der erlaubten Bereiche grün dargestellt. Die Verteilungen für die klassischen Sekundärstrukturen (rechte a-Helix und b-Faltblatt) sind rot gekennzeichnet, jedes rote Kreuz entspricht einem Alanin-Rest in einem der 10 Beispielproteine: a) alle Alanine in a-Helices, b) alle Alanine in b-Strukturen, c) alle Alanine in Turns (kleinen Loops), d) alle anderen Alanine.

 

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